Een van de spirituele zonen van Pater Pio leefde in Rome. Op een dag bevond hij zich onder vrienden en verzuimde,, door een schaamtegevoel, het Heilig Sacrament te eren door zijn hoed af te nemen. Dit deed hij nochtans telkens hij een kerk passeerde. Hij hoorde een stemmetje in zijn oor, dat van Pater Pio, die hem toefluisterde: "Laf!" Enkele dagen later ging hij naar San Giovanni Rotondo en Pater Pio zei tegen hem: "Opgepast, deze keer heb ik je maar een waarschuwing gegeven maar in de toekomst zal ik je een stevig pak slaag geven."

Bij zonsondergang, in de tuin van het klooster was Pater Pio aangenaam aan het keuvelen met enkele gelovigen en met zijn spirituele zonen wanneer hij opmerkte dat hij geen zakdoek meer had. Hij vertrouwde zijn sleutel toe aan één van de aanwezigen en vroeg hem naar zijn kamer te gaan en daar een zakdoek te halen. De man begaf zich dus naar de kamer van Pater Pio waar hij een zakdoek nam. Hij zag ook de handschoenen liggen en kon niet weerstaan aan de drang om een relikwie te ontvreemden. Hij nam een van de handschoenen en stak ze in zijn zak. Hij keerde terug naar de tuin en gaf de zakdoek aan Pater Pio die hem zei: "En nu ga je terug naar mijn kamer en leg je de handschoen terug die je weggenomen hebt.

Elke avond voor het slapen gaan knielde een dame voor de beeltenis van Pater Pio om hem zijn zegen te vragen. Haar man, alhoewel hij katholiek was en geloofde in Pater Pio veroordeelde dat overdreven gedrag en lachte iedere keer met haar. Op een dag zei hij tegen Pater Pio: "Weet u dat mijn echtgenote elke avond knielt voor uw foto en u om uw zegen vraagt? " En Pater Pio zei:" Ja, ik weet het, en jij , jij lacht er elke avond mee. "

Op een dag ging een gebrekkig katholiek die desondanks veel waardering genoot in kerkelijke middens, te biecht bij Pater Pio. De man verwaarloosde zijn vrouw en had een minnares . Trachtend zijn gedrag te verantwoorden beweerde hij in een geestelijke crisis te zitten. Hij had niet gerekend op de gave van Pater Pio die met luide stem zei tegen de man die voor hem geknield zat: " Wat, een geestelijke crisis! Je bedriegt je echtgenote en God is kwaad op jou. Ga weg!"

Een begeleider van een autobus met toeristen op excursie in Gargano zag Pater Pio in de sacristie binnen komen, precies op het ogenblik dat hij wou vertrekken. De man was vergezeld van een tiental personen die wilden biechten. Pater Pio vroeg aan de begeleider “En gij, mijn zoon, wil u zich ook laten zegenen?” Verrast, schoof de begeleider naar voor en knielde neer om de zegen te ontvangen, maar alvorens de zegen te geven, vroeg de pater nog: “En wat hebt u gedaan?” De man antwoordde: “Niets, vader, een paar uur geleden heb ik gebiecht op de berg San Angelo en nadien heb ik samen met mijn toeristen de H. Communie ontvangen”. Pater Pio vervolgde: “En daarna?” De man antwoordde: “Ik heb piëteitsvolle voorwerpen gekocht”. Pater Pio hernam: “Het zijn niet de devotiestukken die u geërgerd hebben, maar deze zoete dingen”. Verbaasd herinnerde de begeleider zich dat hij, na de eucharistieviering, gevloekt had omdat de krokante zoetigheden die hij gekocht had minder geschikt waren dan die bedoeld door de toeristen. Teneer geslagen trachtte hij iets te zeggen, maar pater Pio vervolgde: “Het is niet alles. Op de weg nabij San Giovanni Rotondo hebt u de voerder van een voertuig beledigd omdat hij niet rechts hield”. De begeleider, die aanvankelijk gezegd had dat hij niets gedaan had, zegde verward zijn schuldbelijdenis op.

Een Anglo-Italiaanse dame uit Engeland begaf zich onmiddellijk in de biechtstoel van pater Pio. Maar pater Pio luisterde niet naar haar belijdenis, hij sloot het raampje. Waarom wilde pater Pio de belijdenis van deze dame niet aanhoren? Deze dame kwam gedurende twee weken practisch alle dagen, waarna pater Pio uiteindelijk haar biecht afnam. Deze dame vroeg waarom zij zo lang moest wachten. Pater Pio antwoordde: “En jij, hoe lang heb jij de Heer laten wachten?” Gij moet u afvragen hoe Jezus en ik zelf u zouden kunnen ontvangen na al uw heiligschennene communies. Immers gedurende jaren heb jij in staat van doodzonde gecommuniceerd aan de zijde van uw moeder en uw man”.  De dame, ondersteboven en vol spijt, ontving al wenend de absolutie. Enkele dagen later vertrok zij vredevol terug naar Engeland.

Een man vertelt. Op een avond at ik enkele vijgen meer dan naar gewoonte. Scrupuleus als ik was omwille van die gulzigheid besloot ik ’s anderendaags te biechten bij pater Pio. Op weg naar het klooster deed ik mijn gewetensonderzoek. Ongelukkig herinnerde ik mij niet meer die zonde van gulzigheid. Maar alvorens aan pater Pio de absolutie te vragen zei ik: “ik geloof dat ik een zonde vergeten heb, maar voor ’t ogenblik herinner ik ze mij niet”. Pater Pio zei al lachend: “Eh wel, zijn het de twee vijgen!?”

God ziet alles en Hij zal onze daden beoordelen. Het volgende verhaal toont duidelijk aan dat God onze intiemste gedachten kent. In 1920 meldde een man zich aan in het klooster van de Kapijcijnen. Zonder spijt in zijn hart dacht hij er aan zijn vrouw te vermoorden om met een andere te kunnen trouwen. Het lag dus uitsluitend in zijn bedoeling om zijn bezoek als alibi te gebruiken. Daar hij wist dat zijn vrouw een monnik kende in een nabijgelegen dorp van de Gargano, waar hij, noch zij gekend waren, kon hij er gemakkelijk zijn misdaad voorbereiden. Enige tijd later kon hij er zijn vrouw van overtuigen om die reis te doen. Na rijp beraad stelde hij zijn vrouw voor een bezoek te brengen aan die pater waarover iedereen sprak. De vrouw reserveerde een plaats voor een retraite en de man begaf zich alleen naar het klooster om een biechtgelegenheid te reserveren. Terwijl zijn vrouw op de biechtafspraak zou zijn, zou hij zich in het dorp laten zien met de bedoeling te zorgen voor een alibi. Hij bezocht een bistro en benaderde er enkele habitués. Hij zou hen dan een pint betalen, met hen een klapje doen en daarna vertrekken om zijn vrouw te vermoorden nadat zij het bezoek bij de pater had afgelegd. In volle natuur, in de avondschemering, zou niemand iets merken, ook geen lijk vinden. Daarna zou hij zijn kameraden in het bistro opnieuw opzoeken en vertrekken zoals hij gekomen was. Een perfect plan, met uitzondering van een klein detail: terwijl hij zijn misdaad voorbereidde, las iemand zijn gedachten. In het klooster zag hij pater Pio die reeds de schuld van enkele dorpsbewoners geraden had. Onder een onweerstaanbare dwang wierp de man zich op de knieën in de biechtstoel. Hij had nog maar pas een kruisteken gemaakt of hij hoorde roepen: “ga weg! ga weg, onmiddellijk ga weg zeg ik. Weet u dan niet dat het verboden is u te drenken in het bloed van een moord? Ga weg! Ga weg!”. Daarna nam de pater de man bij de arm en joeg hem uit de kerk. Bewust van zijn ongure intenties, vluchtte de man naar buiten, viel neer op een steenblok, zijn gezicht in de modder en werd zich bewust van zijn ontelbare zonden. In een oogwenk kwam zijn leven voor de geest en in een ommezwaai zag hij zijn boosaardigheid in. Met pijn in het hart keerde hij terug naar de kerk en vroeg pater Pio om te biechten, met een oprecht hart deze keer. Pater Pio sprak vol tederheid, alsof hij hem altijd gekend had. Om niet te vergeten beleed hij al zijn zonden, één na één, misdrijf na misdrijf, met alle details. De man kon zijn gruwelijke misdaad toegeven, misdaad die hij alleen kende. Uitgeput maar verlost wierp hij zich voor de pater neer en vroeg nederig vergiffenis. Het is niet alles. Toen de penitent zich klaar maakte om te vertrekken, zei pater Pio tot hem: “hebt ge nooit verlangd naar een zoon?”. De man dacht: “maar nee toch, weet pater Pio dat ook al?!” En pater Pio voegde er aan toe: “stop met God te mishagen en ge zult een zoon krijgen”. Een jaar later, dag op dag, kwam de man pater Pio terug opzoeken, overtuigd en vader van een zoon, geboren uit zijn vrouw die hij wilde doden.

De pater Gardiaan van het klooster van San Giovanni Rotondo vertelde: ”Eens kwam hier een zakenman toe uit Pisa met de vraag aan pater Pio om de genezing van zijn dochter. Maar pater Pio bekeek hem en zei: “gij zijt zieker dan uw dochter, gij schijnt bijna dood te zijn.” De man antwoordde daarop: “Bijlange niet, ik voel me prima.” Pater Pio ging verder: “Sukkelaar, hoe kunt ge zeggen dat je je goed voelt met al die zware fouten op je geweten? Minstens 32!” Onmiddellijk daarop beleed de man zijn fouten. En na zijn biecht vertelde hij aan iedereen dat pater Pio hem al zijn zonden die hij had bedreven op voorhand reeds kende.

Een priester vertelde een voorval dat een confrater had meegemaakt toen hij van tamelijk ver naar pater Pio was gekomen om te biechten. Hij had van trein moeten overstappen en had uren moeten wachten in Bologna. Toen hij gedaan  had met biechten, vroeg pater Pio hem:”Mijn zoon, hebt u me niets vergeten te vertellen?” Toen hij negatief antwoordde, dacht hij goed na en vond niets. Dan zei pater Pio hem met veel begrip: Mijn zoon, gij zijt in Bologna om 5 uur ’s morgens aangekomen. De kerken waren toe. In plaats van te wachten ben je naar het hotel geweest om wat te rusten voor de H. Mis. Ge hebt u op bed gelegd en hebt zo diep geslapen dat je pas om 15 uur wakker bent geworden, zodanig dat je de Eucharistie niet kon celebreren. Ik weet dat je het niet uit kwade wil hebt gedaan …. Maar het getuigt van wat tekort aan waakzaamheid tegenover ons Heer.

Toen er nogal wat volk afkwam om pater Pio te zien waren er twee gewapende bewakers belast met de veiligheid van de pater. Toen dan eens na de eucharistieviering pater Pio zich terugtrok naar de sacristie om zijn gewaden uit te doen zei hij tot één van de bewakers vriendelijk: ”wanneer ge hier gedaan hebt, en ik mijn dankzegging heb beëindigd, kom dan eens naar mijn kamer, ik moet u iets zeggen.” De bewaker was erg gelukkig, en wachtte tot pater Pio zijn dankzegging had gedaan. Hij ging hem opzoeken naar zijn kamer. Pater Pio zei hem: “Ge moet eens naar je ouders gaan, want binnen de acht dagen ga je sterven.” De man antwoordde “Ik voel me opperbest, pater.” Pater Pio zei daarop:”wees niet ongerust, over 8 dagen ga je je nog beter voelen. Dit leven is toch maar een pelgrimstocht. Ga verlof vragen en regel je zaken met je familie; morgen zou het al te laat kunnen zijn. Nogal onthutst vroeg de bewaker hem: “Mag ik vertellen wat u mij gezegd hebt?” Pater Pio zei: “Niet direct, maar wel als je thuis bent.” De jonge man ging het dorp in en vroeg aan zijn overste om naar huis te mogen gaan. De verantwoordelijke weigerde aanvankelijk, omdat hij het een onvoldoende motief vond, maar toen pater Pio tussenbeide kwam mocht hij eindelijk vertrekken. Eenmaal thuis vertelde de man wat pater Pio hem gezegd had en dat hij nu gekomen was om zijn familie te groeten voor zijn dood. En op het einde van 8 dagen is hij overleden.

De religieuzen van het klooster van Venafro, die pater Pio gedurende een tijd hadden opgevangen waren getuigen van de visioenen maar ook nog van andere onverklaarbare verschijnselen. Onder andere, zelf zwaar ziek kon pater Pio de gedachten, van andere mensen lezen. Op een keer kwam eerwaarde Heer Augustin hem opzoeken. Pater Pio vroeg hem: “Bid vanmorgen eens speciaal voor mij”. Toen hij van de kerk wegging was hij van plan tijdens de eucharistie speciaal voor hem te bidden. Maar hij vergat het. Wanneer hij pater Pio terug ontmoette vroeg deze:”Hebt ge voor mij gebeden?” Abbé Augustin gaf zijn vergetelheid toe en pater Pio zei daarop:”’t Is goed, Ons Heer heeft uw intenties aanvaard toen je van de kerk wegging.”

Op een keer toen pater Pio in het heiligdom aan het bidden was kwamen zijn confraters hem vragen om van iemand een particuliere biecht te horen. Pater Pio keek op en zei op strenge toon: “Denkt ge dat, nadat Ons Heer 25 jaar heeft gewacht, hij geen 5 minuten geduld moet hebben? En iedereen begreep dat pater Pio de waarheid had gesproken!

Pater Carmelo Durante, die de overste was van pater Pio in het klooster van San Giovanni Rotondo gaf dit getuigenis naar aanleiding van de gave van profetie van pater Pio. “Gedurende de Tweede Wereldoorlog hoorden we bijna dagelijks spreken over de oorlog, over schitterende militaire overwinningen die de Duitsers op het front behaalden. Op zekere morgen, toen de gemeenschap in de kleine zaal samen zat, hoorde ze het recente nieuws, nl. dat de Duitsers zich naar Moscou begaven. Ik stond aan de grond genageld met de gedachte dat dit het einde van de oorlog zou kunnen betekenen en ook de uiteindelijke overwinning van de Duitsers. Ik kwam in de gang de eerwaarde pater Pio tegen , en ik vertelde hem erg gelukkig en vol enthousiasme: “De oorlog is gedaan.”  “Wie heeft u dit verteld?”, vroeg pater Pio. En ik toonde hem de krant. Pater Pio zei daarop: “Heeft Duitsland gezegevierd? Denk eraan: Duitsland zal deze keer verliezen. Het zal niet zijn zoals de andere oorlog, vergeet dat niet.” Maar ik repliceerde:” De Duitsers trekken al op naar Moscou.” Pater Pio zei:”Vergeet niet wat ik u gezegd heb, …” en toen ik nog insisteerde: ”Maar als Duitsland de oorlog verliest, verliest Italië ook!” En toen zei hij me nog op een besliste toon:”Kijk goed uit je twee ogen of ze wel samen de oorlog beëindigen.” Op dat moment leken die woorden nogal mysterieus, want er bestond een verbond tussen Duitsland en Italië. Maar het jaar daarna, na de wapenstilstand met de geallieerden op 8 september 1943 en na de daaropvolgende oorlogsverklaring van Italië aan Duitsland begreep ik het wel allemaal!

Een vrouw vertelde: "Ook ik wilde deelnemen aan een georganiseerde reis naar San Giovanni Rotondo om pater Pio te leren kennen en en hem te ontmoeten. Dat was in 1961. In de bus was er een man die opeens luid riep: “Mijn vrouw wilde dat ik met haar meeging naar deze ‘bedrieger’”. Dit was natuurlijk een verwijzing naar de dierbare pater. Deze beschuldiging ging dwars door mijn hart. Toen we in San Giovanni Rotondo aankwamen gingen we onmiddellijk naar de kerk om er de heilige mis bij te wonen. Na de mis begaf pater Pio zich onder de pelgrims. Toen hij dichtbij ons kwam bleef hij staan vlak vóór de man die zich in de bus negatief over hem had uitgelaten en zei: “Kom hier, kom bij die bedrieger!” De man werd bleek, knielde neer en kon enkel stamelend zeggen: “Vergeef me pater! Vergeef me!” Pater Pio legde een hand op zijn hoofd en zegenend vervolgde hij: “Sta op, ik vergeef je.” De man was meteen bekeerd en allen waren vol bewondering en ontroering."

Een vrouw vertelde: "In 1945 bracht mijn moeder me naar San Giovanni Rotondo om pater Pio te leren kennen en om bij hem te biechten. Er was veel volk. In afwachting van mijn beurt dacht ik na over alles wat ik aan de pater moest zeggen maar toen ik dan bij hem was klapte ik volledig dicht. De dierbare pater bemerkte meteen mijn bedeesdheid en zei met een glimlach: “Wil je dat ik het in jouw plaats zeg?” Ik knikte instemmend en meteen stond ik stomverbaasd. Dat kon niet waar zijn! Pater pio zegde woord voor woord alles wat ik hem had willen zeggen. Ik werd rustig en kalm en ik dankte in gedachten de geëerde pater dat hij mij een van zijn uitzonderlijke bovennatuurlijke gaven had laten ervaren. Ik vertrouwde hem de gezondheid toe van mijn ziel en mijn lichaam. Hij antwoordde: “Ik zal altijd je geestelijke vader zijn!” Ik nam afscheid van hem met een immense vreugde in mijn hart. Terwijl ik in de trein op terugweg naar huis was, nam ik een intense geur waar die ik nooit zal vergeten!"

Wanneer de mensen pater Pio voorwerpen aanboden (rozenkransen, medailles, heiligenbeelden) met de vraag ze te wijden, gaf de pater wel eens een voorwerp terug met de verklaring: “Dit is al gewijd.” En dat was inderdaad zo.

Pater Pio ‘voelde’ of  water al dan niet gewijd was en indien iemand hem een fles aanbood waarin water uit Lourdes zat, dan bracht hij die zonder vragen te stellen aan zijn lippen en kuste ze.

De Romeinse trambediende, aan wie Onze-Lieve-Vrouw in een grot aan de drie fonteinen in Rome verschenen was (de Maagd van de Openbaring), ging op een dag pater Pio bezoeken. Hier volgt zijn relaas: “Toen ik voor zijn aangezicht stond – wij hadden elkaar nog nooit ontmoet – reikte ik hem een zakje aan zonder hem te zeggen wat het bevatte. Pater Pio nam het, drukte het vol overgave tegen zijn borst maar gaf het me niet terug. Het zakje bevatte een beetje aarde uit de grot van de drie fonteinen.”