Pater Pio verkreeg een van zijn eerste mirakels in 1908. Hij verbleef toen in het klooster van Montefusco. Voor zijn tante Daria, van wie hij veel hield, en die in Pietrelcina woonde, verzamelde hij kastanjes die hij in een kleine zak deed. De tante kreeg die kastanjes en at ze op. Het zakje bewaarde ze als souvenir. Op een avond, lange tijd daarna, wilde tante Daria in een lade wat zoeken, zij gebruikte daarvoor een olielamp, maar in die lade bewaarde haar man ook de cartouches voor zijn wapen. Een vonk uit de lamp veroorzaakte een ontploffing die de tante trof in het gelaat. Huilende van de pijn, zocht de tante naar het zakje waarin pater Pio die kastanjes had gegeven, en legde dat zakje op haar gelaat. Onmiddellijk was de pijn weg, en op haar gelaat waren achteraf geen sporen van brandwonden.

Tijdens de tweede wereldoorlog, was het brood slechts met bonnetjes te verkrijgen. Veel mensen kwamen dan ook naar het klooster van Onze lieve Vrouw van Genade om een aalmoes te verkrijgen. Toen de monniken eens naar de refter gingen was er slechts een halve kilo brood in de mand. De gemeenschap zegde het gebed en ieder ging zitten voor de soep. Pater Pio, was langs de kerk gegaan, hij kwam terug met een grote hoeveelheid vers brood. Aan de abt die hem vroeg waar hij dat brood had gehaald, antwoordde hij: "een bedevaarster aan de deur had ze hem gegeven". Niemand zei iets, maar iedereen had begrepen dat alleen pater Pio dergelijke bedevaarsters kon ontmoeten.

Eens had de koster vergeten de hosties klaar te zetten die moesten worden geconsacreerd voor de communie. Er waren er maar enkele in de ciborie. Nadat hij biecht had gehoord, begon pater Pio de communie uit te delen aan de talrijke gelovigen. Hij kwam er geen te kort, en op het einde bleven er nog over.

Een vrouw die vaak geestelijke leiding kwam vragen bij Pater Pio, had van hem een brief ontvangen, en had zich aan de kant van de weg neergezet om hem te lezen. Maar de wind rukte de brief uit haar handen. De brief haperde bij aan een steen, en de vrouw kon de brief terugnemen. De volgende dag zei pater Pio aan de vrouw: "Pas op voor de wind, als ik er mijn voet niet had op gezet, zou die zeker in de valei zijn gewaaid".

Een geestelijke leerlinge van Pater Pio, Mevrouw Cleonice, heeft verteld: Tijdens de laatste oorlog was mijn kleinzoon krijgsgevangene. Een jaar lang was er geen nieuws van hem. iedereen dacht dat hij dood was. Zijn vader en moeder leden er erg onder. Op een dag ging zijn moeder knielen in de biechtstoel van pater Pio, om te vragen of haar zoon nog leefde. Ze wilde niet heengaan voordat de pater haar antwoord had gegeven. Ontroerd, keek pater Pio haar aan en zei: Sta op en ga in vrede. Enkele dagen later, kon ik het verdriet van de ouders niet meer verdragen, en ik besloot een mirakel te vragen aan Pater Pio. Met een hart vol hoop zei ik tot de pater: ik wil een brief schrijven naar mijn kleinzoon Giovannino, maar ik weet niet waar hij is, ik kan alleen zijn naam schrijven op de brief. U en uw engel bewaarder kunnen ons zeggen waar hij is. Pater Pio antwoordde niet. Ik schreef de brief, en die avond voor het slapen gaan, legde ik de brief op de nachttafel. De volgende morgen, tot mijn grote verwondering was de brief verdwenen. Ontroerd, ging ik de volgende dag Pater Pio bedanken. Hij zei me: bedank eerder Onze lieve Vrouw. Twee weken later waren er voor de hele familie tranen van vreugde. We dankten God en Pater Pio, want mijn kleinzoon, die iedereen dood waande, had op de brief geantwoord.

Mevrouw Luise had een zoon, officier bij de Koninklijke Britse Marine. Luisa bad elke dag voor zijn bekering, en voor het behoud van haar zoon. Op een dag kwam ze een onbekende Engelsman tegen in San Giovanni Rotondo. Hij had enkele dagbladen bij die Luisa vroeg. Daarin vernam ze dat de boot van haar zoon was vergaan. Ontsteld, ging ze vlug Pater Pio opzoeken. Pater Pio vroeg haar wie haar had gezegd dat hij dood was. Pater Pio gaf haar het adres van het hotel waar haar zoon verbleef voordat hij terug zou inschepen. Hij werd gered na de schipbreuk in de Atlantische oceaan. Luisa schreef onmiddellijk een brief en na enkele dagen kreeg ze antwoord van haar zoon.

In San Giovanni Rotonde kende men een zeer goede vrouw, zo goed dat Padre Pio zei dat men haar als voorbeeld kon stellen voor sommige biechtvaders. Met andere woorden: het was een heilige vrouw. Op het einde van de vasten werd deze vrouw “Paolina”zwaar ziek. De dokters hadden geen enkele hoop haar te redden. Haar echtgenoot, vergezeld van hun vijf zonen, ging naar het klooster. Zij smeekten Padre Pio, de jongste kinderen klampten zich wenend vast aan de pij van Padre Pio. Verward dwong Padre Pio zich hen te troosten en beloofde voor hun moeder te bidden. Bij het begin van de Goede Week drukte Padre Pio zich anders uit. Aan diegene die zijn bemiddeling vroegen voor de genezing van Paolina antwoordde de padre vastberaden “zij zal herleven op de dag van Pasen” . Op Goede Vrijdag verloor Paolina het bewustzijn en heel vroeg de zaterdag raakte zij in coma. Na enkele uren bewoog zij niet meer. Zij scheen dood. Enkele naastbestaanden van Paolina kleedden haar, volgens de traditie, met haar huwelijkskleed, anderen liepen wanhopig van het klooster waar Padre Pio herhaalde “zij zal herleven”. Padre Pio ging de H. Mis opdragen. Op het ogenblik dat Padre Pio het gloria begon te zingen en terwijl de klokken luidden, ondertussen de verrijzenis van Christus aankondigend, brak zijn stem in een snik en zijn ogen vulden zich met tranen. Op hetzelfde ogenblik herleefde Paolina. Zonder hulp stond zij op van haar bed, knielde en bad driemaal luidop het Credo. Dan stond zij op en glimlachte. Was zij genezen? Was zij verrezen? Padre Pio had gezegd: “zij zal herleven”. Hij had niet gezegd: “zij zal genezen”. Als men vroeg aan Paolina wat er gebeurd was terwijl men haar dood waande, antwoordde zij slechts, wat blozend: “ik steeg, ik steeg, gelukkig…als ik in een groot licht trad, ben ik achteruitgegaan, ik ben teruggekomen”.

Een moeder vertelde:” Mijn dochter geboren in 1953, werd in 1955 gered dank zij Padre Pio. Inderdaad de morgen van 6 januari 1955, terwijl mijn man en ik naar de mis waren, is het meisje, thuisgebleven met de grootouders en een van haar ooms, in een kuip met kokend water gevallen. Zij had brandwonden in de derde graad aan  de onderbuik tot achter aan het lichaam. Ik smeekte Padre Pio ons te helpen om het meisje te redden. De dokter die kwam anderhalf uur nadat wij hem geroepen hadden, gaf geen  enkel geneesmiddel en raadde ons aan het meisje naar de kliniek te brengen, want hij vreesde het ergste. Na het vertrek van de dokter begon ik Padre Pio aan te roepen. Rond de middag, terwijl ik mij gereed maakte om naar de kliniek te gaan, riep mijn meisje vanuit haar kamer en zei:”Mama de brandwonden zijn weg;” Ik vroeg haar wie ze weggenomen had. Zij antwoordde:” Het is Padre Pio die gekomen is. Hij plaatste de wonden van zijn handen op mijn brandwonden”. Inderdaad het lichaam van mijn dochtertje toonde geen enkel spoor van brandwonden meer.

De landbouwers van San Giovanni Rotondo houden eraan dit gebeuren te vertellen. Het was in de lente en amandelbomen in volle bloei kondigden een overvloedige oogst aan. Maar de bomen werden aangetast door rupsen: een overvloed van rupsen die, in bendes, de bloemen, de bladeren en ook de schors aanvielen. Na twee dagen, na vergeefs geprobeerd te hebben deze plaag te remmen, praatten de eigenaars, waarvan meerdere van deze bebouwing leefden, met Padre Pio. Vanuit het venster van het klooster, bekeek de monnik de door rupsen aangetaste amandelbomen et besloot ze te zegenen. Na zijn priesterkleren aangetrokken te hebben, begon hij te bidden. Toen hij gedaan had, maakte hij  met gewijd water een groot kruisteken in de richting van de bomen. De volgende morgen waren de rupsen verdwenen, maar de takken van de bomen waren naakt als stokken. Desondanks was de oogst, die verloren had geleken, overvloediger dan ooit. Hoe hadden bomen zonder bloemen, met naakte takken, vruchten in zo’n  grote overvoed kunnen voortbrengen? Niemand weet het: de beste tuinbouwers hebben dit fenomeen niet kunnen uitleggen.

In de tuin van het klooster van San Giovanni Rotondo, groeiden cipressen, fruitbomen en hier en daar enkele dennen. In deze tuin hield Padre Pio ervan in de namiddag, vergezeld van vrienden of bezoekers, te genieten van de zachte frisheid van de schaduw. Zekere dag praatte Padre Pio, onder de bomen, met enkele mensen. Plots begonnen alle soorten vogels, merels, mussen, distelvinken, alsook krekels, een waar concert van piepen, fluiten en trillers te geven. Deze onverwachte symfonie scheen Padre Pio te vervelen die, de ogen opgeslagen en de wijsvinger aan de lippen, zei tot de vogels:”Het is genoeg nu.” Onmiddellijk zwegen de vogels en de krekels, tot grote verwondering van de bezoekers. Zoals de Heilige Franciscus van Assisië had Padre Pio tot de vogels gesproken en zij hadden hem gehoorzaamd.

Priester Onorato vertelde ‘Ik ging naar San Giovanni Rotondo in gezelschap van een vriend met een moto van het type”Guêpe 125”. Ik kwam in het klooster aan een beetje voor het uur van het ontbijt.. In de eetzaal ging ik ,nadat ik de overste gegroet had,de hand van pater Pio vastnemen, die me  plagend zei’Zo, beste jongen heeft je wesp (=guêpe) je gestoken?’.Pater Pio wist dus met welk middel ik naar het klooster gekomen was. ’ Anderendaagsmorgens,nog altijd met ‘de wesp’,vertrokken we naar Saint-Michel.Halfweg moesten we bij gebrek aan brandstof de reservetank aanspreken; we besloten vol te tanken aan de berg San Angelo. Maar er was daar geen benzinestation open op dit uur. We besloten dan maar om terug te keren naar San Giovanni Rotondo in de hoop daar iemand te vinden die ons kon depanneren.. Ik was een beetje beschaamd als ik eraan dacht dat dit voorval me  een pover figuur zou doen slaan bij de confraters die me verwachtten voor het ontbijt. We hadden nauwelijks enkele kilometers gereden of de motor begon te sputteren en viel daarna stil. De reservetank was leeg. Teleurgesteld maakte ik er mijn vriend opmerkzaam op dat  er slechts een twaalftal minuten overbleven  tot aan het uur van het ontbijt..Het is op dat moment dat mijn vriend,tegelijk uit ergernis als uit solidariteit een goede trap gaf op de startpedaal. De ‘wesp’ ging in gang. Zonder ons vragen te stellen keerden we terug naar het klooster en juist toen we aankwamen viel de motor opnieuw stil. We onderzochten opnieuw de tank: zoals de eerste keer was die leeg. In vijf minuten hadden we vijftien kilometer gereden, wat betekende dat we 180 km per uur gereden hadden…zonder benzine. Ik kwam in het klooster aan juist  op het moment dat mijn confraters naar beneden kwamen voor het ontbijt.. Ik ging  pater Pio tegemoet, die me een mysterieuze glimlach toestuurde.

Maria, de moeder van een kindje dat kort na de geboorte ziek was geworden, vernam dat het kleintje afzag van een mysterieuze kwaal  die waarschijnlijk ongeneeslijk was.Nadat ze de sombere prognose van de dokters had gehoord, besloot Maria zich naar San Giovanni Rotondo te begeven.Ze woonde in een streek die gelegen was aan de andere kant van ‘de Pouilles’, maar had dikwijls horen spreken van een gestigmatiseerde monnik die mirakels bekomen had, zieken genas en hoop bracht aan de ongelukkigen. Tijdens die lang tocht stierf het kind. Nadat ze  heel de nacht voor het kindje gezorgd  had in de trein wikkelde Maria het kleintje in klederen en  legde het neer in haar  mallet.’s Anderendaags kwam ze in San Giovanni Rotondo aan,verbouwereerd omdat ze haar zoon verloren had, van wie ze danig veel hield,maar toch nog altijd bezield met een groot geloof.  ’s Avonds schoof ze mee aan in de rij om te biechten bij de monnik van Gargano,terwijl ze de mallette waarin het lichaam van haar zoon lag, dicht tegen zich aan drukte.Hij was nu reeds meer dan vierentwintig uur dood. Toen ze aankwam bij pater Pio die  in zijn biechtstoel gebogen zat, terwijl hij bad, knielde Maria neer terwijl ze warme tranen weende en zijn hulp inriep. Hij bekeek haar heel intens. Maria opende de mallette en toonde hem het levenloze lichaampje. Diep ontroerd, in verwarring gebracht door de smart van deze moeder, nam pater Pio het kind, legde op zijn hoofd één van zijn gestigmatiseerde handen en sprak een gebed uit,terwijl hij de ogen  ten hemel opsloeg.Weinig later bewoog het kind eerst de benen  en dan de armen, alsof het uit een lange slaap ontwaakte. Pater Pio zegde tot Maria:’Moeder,waarom roep je zo, zie je niet dat je kind slaapt?’ Maar het geroep van de vrouw trok de aandacht van de menigte en lokten applaus uit. Allen spraken van een mirakel. Het gebeurde in mei 1925 en de  telegrafen van heel de wereld hebben het nieuws overgebracht van de nederige monnik die de kreupelen genas en doden deed  verrijzen.

Op een avond na een oponthoud in het klooster bemerkte een ingenieur bij het buitengaan dat het hevig regende. "En ik heb niet eens een paraplu bij", zegde hij tegen pater Pio. "Kunt u me niet hier houden tot morgen? Anders ben ik zo nat als een visser." – "Nee mijn zoon, dat is niet mogelijk. Maar maak je geen zorgen. Ik zal je vergezellen." De ingenieur had aan deze penitentie maar al te graag willen ontsnappen ook al werd ze verzacht door de geestelijke assistentie van pater Pio. Hij zette zijn kraag recht, drukte zijn hoed stevig op zijn hoofd en maakte zich dapper klaar voor de twee kilometer die hij van het dorp verwijderd was. Hoe groot was zijn verbazing toen hij het klooster verliet en daar bemerkte dat de stortbui plots was gaan luwen. Het motregende amper toen hij bij de familie aankwam die hem de kamer had verhuurd. "Lieve hemel!" riep de vrouw uit toen ze de deur hoorde opengaan. "U moet nat zijn tot op uw vel!" – "Helemaal niet!" antwoordde hij, "Het regent bijna niet meer!" De landbouwers keken elkaar verbaasd aan: "Hoezo, regent het niet meer? Maar het is een echte zondvloed! Luister!" Ze gingen buiten op de drempel van de deur staan en zagen dat het echt pijpenstelen regende. "Het regent al een uur aan een stuk. Hoe hebt u het klaargespeeld om daar droog doorheen te komen?" – "Pater Pio had gezegd dat hij me zou vergezellen." – "Ha! Als pater Pio u dat gezegd heeft..." Het incident was gesloten. Ze gingen aan tafel. "Natuurlijk!" zei de vrouw terwijl ze het bord dampende soep bracht, "Het gezelschap van pater Pio is zeer zeker meer waard dan alle paraplu's!"

Een man uit Ascoli Piceno vertelde: "Einde van de jaren 60 kwam ik naar San Giovanni Rotondo met mijn vrouw om te biechten bij pater Pio. Nadat ik goede raad en enkele berispingen had gekregen was ik die avond nog in de kloostergang. Pater Pio zag me en zei: “Ben je hier nog?” – “Pater, mijn ‘muisje’ (kleine Fiat) wil niet vertrekken”, antwoordde ik bezorgd. “En wat voor iets is dat ‘muisje’?” vroeg de dierbare confrater nog. “Een auto”, voegde ik er aan toe. “Laten we er eens naar gaan kijken”, repliceerde pater Pio. Toen we bij de auto waren verzocht hij me kalm te vertrekken. We reden de ganse nacht en 's ochtends bracht ik de auto naar de garage om het startprobleem te laten oplossen. Na onderzoek zei de mecanicien dat de elektrische installatie volledig defect was en hij wilde niet geloven dat de auto in deze staat meer dan 400 kilometer had gereden, van San Giovanni Rotondo tot Ascoli Piceno. Ik dankte pater Pio in mijn binnenste, totaal verbijsterd en verwonderd tegelijk."

Het was helemaal niet nodig om hem tien keer hetzelfde te zeggen, ook niet in gedachten. Een plattelandsvrouw, een goed mens, had een man die zwaar ziek werd. Ze liep dadelijk naar het klooster. Maar hoe kon ze bij pater Pio geraken? Om bij hem te biechten moest je minstens drie dagen je beurt afwachten. Tijdens de mis liep het arme mens bezorgd heen en weer, van rechts naar links en van links naar rechts, en vertrouwde wenend haar groot probleem toe aan de Moeder van genade, door bemiddeling van haar trouwe dienaar. Ook terwijl pater Pio biecht hoorde deed ze precies hetzelfde. Uiteindelijk slaagde ze erin tot de veelbesproken kloostergang door te dringen en een glimp van pater Pio op te vangen. Toen hij haar bemerkte zei hij haar met een strenge blik: "Kleingelovige vrouw, wanneer zul je eindelijk ophouden mijn hoofd te breken en mijn oren te doen tuiten? Ben ik soms doof? Je hebt het me al vijf keer gezegd: langs rechts, langs links, langs vóór en langs achter. Ik heb het allang begrepen! Ga vlug naar huis, alles is in orde!" En werkelijk, haar echtgenoot was genezen.